تأسست مدينة جينيه في مالي الوسطى عام 800 ميلادية، وهي واحدة من اقدم المدن الواقعة جنوب الصحراء الكبرى في افريقيا، وتقع جينيه على جزيرة في دلتا نهر النيجر، واصبحت معبرا مهما للتجار لنقل بضائعهم من الذهب والملح والعبيد خارج تمبكتو، خلال السنوات الماضية اصبحت جينيه ايضا مركزا للعلوم الاسلامية، ومن ابرز معالمها المسجد الكبير الذي يزين ميدان السوق. وشيد الجامع الكبير في جينيه عام 1907، ويصفه العديد من المهندسين المعماريين بأنه أعظم انجاز معماري بأسلوب المنطقة السودانية الساحلية، لما له من لمسات اسلامية واضحة، كما انه اكبر مبنى من طوب الطين في العالم.
في القرن الـ 13، كان هناك مسجد آخر اقدم بكثير بني في نفس الموقع، ولكن بحلول القرن الـ 19 سقطت اجزاء من المسجد وتم التخلي عنه وهجره.
عندما غزا «سيكو امادو» مدينة جينيه خلال حرب توكولور، استاء من حال المسجد فأغلقه وبنى مسجدا آخر بجانبه، وفي شهر ابريل من عام 1893 غزت القوات الفرنسية بقيادة لويس ارشنار مدينة جينيه ودمرت المسجد الذي بناه سيكو أمادو وبنت مدرسة مكانه، في حين اعيد صيانة المسجد الاصلي «مسجد جينيه الكبير».
بنيت جدران المسجد الكبير من طوب الطين، وهو مطل بالطين بطريقة فنية منحت المسجد مظهرا جميلا اذ يبدو وكأنه منحوت، يتراوح سمك الجدران بين 41 و 61 سم، حسب ارتفاع الجدار، وتم استخدام سعف النخيل في بناء المسجد للحد من التشققات الناتجة عن التغييرات في مستوى الرطوبة ودرجة الحرارة.